Theodora Komnena war die Nichte von Kaiser Manuel I. Komnenos (reg. 1143 - 1180). Sie war die Tochter von Andronikos Komnenos, Bruder von Manuel I. Komnenos, die ihrerseits die Söhne von Kaisers Johannes II. Komnenos (reg. 1118 - 1143) und Piroska-Irene waren.

Der Babenberger Heinrich II. Jasomirgott wurde auf seinem Rückweg vom Kreuzzug 1148/49 in Konstantinopel mit Theodora Komnena vermählt. Theodora trat später bei diplomatischen Verhandlungen in Erscheinung, und ihre Mitgift mag den Ausbau Wiens zur Residenzstadt begünstigt haben.